Os principais pátios de movimentação de mercadorias encontram-se nos pontos extremos da ferrovia, ou seja, em Cascavel, o de maior movimento, e em Guarapuava, onde limita com as linhas da América Latina Logística – ALL.

Os embarques em Cascavel são realizados no terminal de transbordo que faz a transferência das cargas recebidas dos caminhões para os vagões e vice-versa.

No decorrer de 2003, foram movimentadas 1.618.326 toneladas nos sentidos de exportação e importação. Nesse total estão incluídas as mercadorias que se utilizaram do terminal próprio da ferrovia, bem como a carga movimentada nos terminais dos clientes, localizados dentro do pátio ferroviário.

O terminal, na sua instalação, feita pela FERROESTE, contava com os seguintes equipamentos: moega de recepção ferroviária, moega de recepção rodoviária convencional, moega de recepção rodoviária com tombador, tulhas para expedição ferroviária e rodoviária, com 500 toneladas cada uma, balança ferroviária para 120 toneladas, balança rodoviária para 80 toneladas, área construída total de 1.920 metros quadrados, cadência de movimentação de 400 t/h e expedição de 6 a 8 vagões por hora.

Já sob a operação da FERROPAR, novos melhoramentos foram introduzidos no terminal, como a construção de 2 silos para grãos, com capacidade estática de 3,2 mil toneladas cada um, novo tombador para caminhões, balança rodo-ferroviária, instalações complementares, como elevadores, correias, etc. Instalações para apoio ao motorista e demais empregados que operam naquele terminal. Ao longo do pátio, encontra-se em operação um terminal de calcário, com moega e correias transportadoras, um terminal para movimentação de óleo comestível e são desembarcados insumos agrícolas, a granel e ensacado.

A FERROPAR e a CODAPAR, em um investimento conjunto, instalaram no Pátio de Cascavel, uma Estação Aduaneira Interior (EADI), que torna viável a captação pela ferrovia, de carga a granel procedente do Paraguai, além de carga geral da região Oeste do Paraná.

A empresa Cascavel Comércio de Grãos Ltda, formada pela Moinho Iguaçu e a Imcopa, esta última com indústria de moagem de soja em Araucária, dispõe de dois silos para sessenta mil toneladas cada um e todas as instalações necessárias, inclusive desvio ferroviário, para o embarque em vagões. Essas instalações propiciam maior agilidade no transporte ferroviário, no pátio de Cascavel, principalmente da soja destinada para a indústria de Araucária e dos grãos destinados pelo Moinho Iguaçu, para exportação pelo porto de Paranaguá. Em 2003, a movimentação desse terminal foi de 296.778 toneladas.

A Cimento Rio Branco, do Grupo Votorantim, instalou um depósito no pátio de Cascavel, para recebimento de cimento, visando tornar essencialmente ferroviário o transporte de, no mínimo, treze mil toneladas mensais do produto a ser distribuído para a região Oeste do Paraná. Os investimento foram realizados em instalações de armazenagem, desvio ferroviário e adaptação de vagões a serem utilizados no transporte de cimento paletizado.

A Cooperativa Agropecuária Cascavel Ltda – COOPAVEL, com o objetivo de movimentar cerca de 210.000 toneladas anuais de pó de calcário e fertilizantes, construiu, em uma área de 4.000 m², um armazém para recebimento e armazenagem a granel, instalando uma moega ferroviária para recepção daqueles produtos. O projeto incluiu, também, a instalação de uma misturadora de fertilizantes.

A Cargill Agrícola S/A, realizou os investimentos necessários para a instalação de quatro silos com capacidade de dez mil toneladas cada um, com o objetivo de ampliar a participação ferroviária na transferência de soja em grãos da região de Cascavel, para sua indústria em Ponta Grossa. A operação de transbordo no terminal de embarque, em conjunto com a FERROPAR, utilizará moegas, esteiras, elevadores e balanças pertencentes a ferrovia..

A Bunge Alimentos construiu dentro do Pátio de Cascavel, um silo graneleiro para 76.000 toneladas e 2 silos pulmão de 5.000 toneladas cada um. Dessa forma, a movimentação da soja em grão da região Oeste do Paraná, destinada a sua indústria de moagem em Ponta Grossa, será executada via ferrovia.. Esta em operação pela Bunge, desde os primeiros meses de 2004, uma fábrica de fertilizantes com capacidade de 300 mil toneladas anuais.

Em Guarapuava, nas operações de carga e descarga de vagões é utilizado o terminal da Cooperativa Agrária Entre Rios.

O farelo de soja ali embarcado destina-se ao porto de Paranaguá, para exportação. A soja recebida é utilizada para moagem daquele parque industrial.